در کتاب‌های درسی قرآن آموزش‌وپرورش، اولویت با آموزش روخوانی و سپس ارائه‌ی مفاهیم برخی کلمات و آیات است که بیشتر جنبه‌ی افزایش اطلاعات دارد. به‌طور کلی در برنامه‌های متداول آموزش قرآن، چه در آموزش‌وپرورش رسمی و چه خارج از آن، گام اول، روخوانی و روان‌خوانی است. سپس بحث حفظ قرآن مطرح می‌شود. آموزش مفاهیم هم برای مراحل بعد از این است. متأسفانه در بسیاری از موارد، این آموزش‌ها هرگز به مرحله‌ی عمل و واردکردن حقایق قرآن به متن زندگی نمی‌رسد. برنامه‌ی «فهم قرآن» نیز به روخوانی و حفظ قرآن توجه دارد. با این تفاوت که در مقایسه با سایر روش‌ها، مسیر متفاوتی را دنبال می‌کند. در «فهم قرآن»، اولین گام، فهم و عمل است. آن‌گاه وقوف در فضای سوره، انس و محبت به آن و شنیدن و خواندن زیاد آن، بدون هیچ تکلفی، منجر به حفظ لفظی سوره می‌شود. روخوانی قرآن نیز به‌واسطه‌ی ارتباط عاطفی شکل‌گرفته با قرآن و حفظ تعدادی از سوره‌ها، جذاب و بدون خشکی و تکلف خواهد بود؛ زیرا دانش‌آموزان سوره‌هایی را که حفظ هستند، به‌سهولت روخوانی می‌کنند و با روخوانی بسیاری از کلمات قرآن نیز آشنا هستند. در این شرایط، به‌راحتی می‌توان با آموزش چند قاعده‌ی ساده و کمی تمرین، توان روخوانی همه‌ی قرآن را در دانش‌آموزان ایجاد کرد.
در هر دوره از زندگی انسان، توان‌های بالقوه‌ای در فرد وجود دارد که اگر این قابلیت‌ها شکوفا نشود، رشد فرزند در دوره‌های بعد با اختلال روبه‌رو می‌شود.
هدف اصلی تعلیم‌وتربیت در دوره‌ی دوم رشد «خیرگزینی» است. خیرگزینی یعنی دیدن حالت‌ها و گزینه‌های گوناگون در هر موضوع، انتخاب بهترین و سودمندترین گزینه بر اساس معیار درست و حرکت به‌سمت گزینه‌ی انتخا‌ب‌شده تا رسیدن به منافع آن.
مفهوم خیرگزینی فعال‌شدن «اختیار» و شکوفایی «تفکر» را نیز شامل می‌شود. اختیار، بنا بر نظر عرف، به‌معنای قدرت انجام‌دادن یا ندادن کاری است، در صورتی که در فرهنگ قرآن، عمدتاً به‌معنای پذیرش خیر است. منظور از «تفکر» نیز قرارگرفتن در وضعیتی است که انسان می‌تواند بهترین مصلحت خود را تشخیص دهد. بر این اساس، افراد با تفکر می‌توانند مسیریابی درستی داشته باشند (اخوت، 1399). به این ترتیب شناخت بایدها و نبایدها، شناسایی و انتخاب آنچه بهتر و درست‌تر است و دوری از انتخاب‌های نادرست همه به تشخیص و انتخاب خیر بستگی دارد.
خیرگزین‌شدن کودکان در پایان دوره‌ی ابتدایی به این معناست که در هر موقعیتی به واسطه‌ی مشورت با بزرگ‌ترهای اهل ایمان، کار درست را تشخیص بدهند و به‌صورت خودکار، به‌تنهایی یا با کمک دیگران، آن کار را عملیاتی کنند. محقق‌شدن این هدف به‌صورت تدریجی و مرحله‌ای امکان‌پذیر است؛ لذا سایر اهداف در خدمت فعال‌سازی خیرگزینی خواهند بود. در فناوری آموزشی هم بحث یگانه‌بودن هدف آموزشی اهمیت ویژه‌ای دارد؛ زیرا در غیر این صورت، با داشتن هدف‌های آموزشی متعدد، نه‌تنها دانش‌آموز بلکه مربی نیز سردرگم می‌شود. البته در عین یگانه‌بودن هدف آموزشی، شیوه‌های آموزشی می‌تواند متعدد باشد و هدف نیز می‌تواند تفصیل پیدا کند. در هر سال از سال‌های دوره‌ی ابتدایی روی فعال‌سازی یک مرحله از خیرگزینی تمرکز می‌شود. به این ترتیب، برای هر کدام از پایه‌های تحصیلی دوره‌ی ابتدایی، یک هدف تربیتی در نظر می‌گیریم. تحقق این اهداف به‌تدریج و در طول شش سال، دانش‌آموز ابتدایی را تا سطح خیرگزینی ارتقا می‌دهد. این هدف‌های تربیتی عبارت‌اند از:
• پایه‌ی اول: تحرک و نشاط همراه با جهت‌گیری ابرازها؛
• پایه‌ی دوم: دیدن تنوع و درک تمایز خوب و بد؛
• پایه‌ی سوم: درک رابطه‌ها و قوانین و انجام کارهای خوب ساده؛
• پایه‌ی چهارم:توان برنامه‌ریزی و انجام کارهای خوب جدی‌تر؛
• پایه‌ی پنجم: دقت برای عمل و تمایل به کارهای خوب؛
• پایه‌ی ششم: توان انجام و گسترش کارهای خوب.
اهداف تربیتی مذکور به‌واسطه‌ی ارتباط با سوره‌های قرآن محقق می‌شوند. در واقع آنچه باعث رشد دانش‌آموزان می‌شود، ارتباط با سوره‌های قرآن است. در دوره‌ی ابتدایی سوره‌های جزء سی برای این ارتباط مناسب هستند؛ زیرا انس با این سوره‌ها به‌دلیل کوتاه‌بودن بسیار آسان است. وجود آیات مربوط به قیامت و...، در این سوره‌ها، مانعی برای آموزش آن‌ها به دانش‌آموزان ابتدایی نیست؛ زیرا قرار نیست جزئیات مفاهیم این سوره‌ها را به ایشان آموزش دهیم؛ بلکه همان‌طور که بیان شد، برنامه‌ی «فهم قرآن» انس با سوره‌ها و دریافت یک پیام از آن‌ها، متناسب با درک فرزندان، است.
آموزش سوره‌ها را از سورهی مبارکه‌ی حمد آغاز می‌کنیم. سپس از انتهای قرآن، یعنی سورهی مبارکه‌ی ناس تا ابتدای جزء سی یعنی سورهی مبارکه‌ی نبأ، به‌ترتیب سوره‌ها را بین پایه‌ها تقسیم می‌کنیم. هرچه به‌سمت ابتدای جزء می‌رویم و سوره‌ها بلندتر می‌شوند، تعداد سوره‌های کمتری را برای هر پایه در نظر می‌گیریم. روی هر سوره، سه‌‌چهار هفته یا بیشتر می‌مانیم. در این مدت سعی می‌کنیم خودمان رشد کنیم و دانش‌آموزان حضور سوره را در کلاس و حتی در زندگی‌شان احساس کنند.
آموزش سوره را محدود به یک ساعت خاص نمیکنیم و پس از آن، در زمان‌های دیگر، سوره را از یاد نمی‌بریم؛ بلکه بنا بر ظرفیت دانش‌آموزانِ کلاسمان، هر زمان که شرایط را مناسب دیدیم، گریزی به سوره می‌زنیم. بهترین قالب برای رشدکردن با سوره و حتی انتقال پیام آن، شنیدن و خواندنِ خودِ سوره در بستری بانشاط است. در این میان، هم‌خوانی تأثیر بیشتری دارد. لازم است دانش‌آموزان سوره را جذاب و بانشاط بشنوند و بخوانند.
هر سوره، به‌ویژه سوره‌های جزء سی، حقایقی را بیان می‌کند که حتماً مرتبه‌ای از آن حقایق برای دانش‌آموزان دبستانی درک‌شدنی است. در آموزش هر سوره به‌جای ترجمه، سطحی از مفاهیم آن سوره را که برای مخاطب ما مناسب است، در قالب یک پیام به آن‌ها منتقل می‌کنیم. لازم است کودک پیام سوره را تجربه کند و بر اساس آن تغییر یابد. فراموش نمیکنیم هدف «فهم قرآن» ایجاد رشد در دانش‌آموزان است و رشد نیز فقط با حفظ‌کردن برخی داده‌ها حاصل نمی‌شود. البته ثبت یک گزاره از سوره در ذهن دانش‌آموزان، به‌عنوان پیام سوره، مهم است و سعی می‌کنیم این اتفاق بیفتد؛ اما برای تحقق این امر، به ارائه‌ی اطلاعات بسنده نمیکنیم؛ بلکه از انواع موقعیت‌ها و قالب‌ها استفاده می‌کنیم تا دانش‌آموزان پیام سوره‌ها را ببینند، حس و تجربه کنند تا عمیق‌تر در ذهنشان ثبت شود. معمولاً این موقعیت‌ها، همان موقعیت‌های روزمره‌ی کلاس و مدرسه‌اند. انتقال یک پیام به دانش‌آموز وقتی صورت می‌گیرد که آن پیام به‌صورت یک باور در وجود او ثبت شده باشد که نشانه‌اش رجوع اختیاری به آن پیام در موقعیت‌های متعدد است.